このブログはLolipopサーバで運営してるが、自動アップデートがうまくいかなかった。ファイルの一部に、パーミッションの問題で上書きできないファイルが存在していたのだ。パーミッションの所有者がApcheになっているため、自動アップデートができない。そこで、それらファイルが存在するwp-includesフォルダやその他のファイルを一旦ダウンロードしてバックアップ後それらファイルを削除（サーバによっては削除さえできない場合もあるがLolipopは大丈夫だった）もう一度FTPでアップしなおした。

そのあと改めて自動アップデートを実行したところ問題なくアップデートできた。これで次回からは問題なくアップデートできるだろう。